Olayın duyulmasının ardından, tepki çeken kazıyla ilgili Kültür ve Turizm Bakanlığı ile Gümüşhane Valiliği tarafından başlatılan çifte soruşturma kapsamında; Kültür ve Turizm İl Müdürü Hüseyin Ateş, Müze Müdürü Elif Öktem ile müze müdürlüğü çalışanı Yunus Ağa açığa alındı.
Gümüşhane Valiliği'nce de kazı izni raporunun özensiz hazırlandığı açıklandı. Arkeologlar Derneği İstanbul Şubesi ve Ankara Barosu, Dipsiz Göl’de define arama ruhsatı veren sorumlular hakkında ‘görevi kötüye kullanma’ suçundan kamu davası açılması için savcılığa suç duyurusunda bulunulduğu belirtildi. Kazı sonrası toprak doldurularak kapatılan Dipsiz Göl'ün eski haline dönüştürülmesi için çalışma başlatıldı. Çevre ve Şehircilik Bakanlığı'nca hazırlanan 4 maddelik Eylem Planı kapsamında göl için alana dökülen, dayanıksız toprak çıkarıldı. Yerine ise suya dayanıklı kireçli ve killi toprak döküldü. Silindirle tabanı hazırlanan göl alanına, yandaki dereden boru hatlarıyla doğal kaynak suyu verilmeye başlandı. Çalışmalar, Gümüşhane Valiliği'nin koordinesinde Çevre ve Şehircilik İl Müdürlüğü’nce akademisyen ve jeologların nezaretinde yürütüldü. Göl çevresinin flora ve endemik türlerinin korunmasına yönelik de çalışma gerçekleştirildi. Taşköprü Yaylası’nın yolu aralık ayında yağan karla ulaşıma kapanmıştı. Dipsiz Göl alanı da yağan karla dolmuştu. Baharla birlikte kardan kapalı yolu ulaşıma açılan Dipsiz Göl’ün yer aldığı Taşköprü Yaylasına yeniden ulaşım sağlandı. Dipsiz Göl’ün kış aylarında biriken karın erimesi ile su tutması bekleniyor.Karadeniz Teknik Üniversitesi eski öğretim üyesi Jeoloji Mühendisi Prof. Dr. Osman Bektaş, gölün orijinalliğinin bozulduğunu belirtti.Bektaş, "Önemli olan Dipsiz Göl’deki yaşayan fauna ve floraydı. Define kazısında bu özellikleri alıp götürüldü. Göl tahrip edildiğine göre bundan sonra orada oluşacak olan su, basit bir göl veya gölet olur. Bununda orijinalliği bozulduğu için bilimsel bir anlamı olmaz. Gölün eski durumuna dönmesi mümkün değildir. Zaman içerisinde belki o gölde fauna olur ama uzun bir zaman alır. Yapılan yanlış iş maalesef gölün orijinalliğini bozmuştur. Gölde yaşayan canlıların özelliklerini kaybettirmiştir. Artık suni göl haline gelmiştir" dedi.